知识管理系统软件替换涉及到与原有数据的整合，也改变了员工现有的软件使用习惯，而且知识管理系统管理软件本身体现的是管理思想，更换软件的同时，需要大规模调整企业的管理流程。所以，知识管理系统软件替换的代价将是购买软件成本的N倍。
知识管理系统软件替换后，用户需要花时间和新的软件厂商进行合作，需要重新经历一个比较长的周期来进行知识管理系统系统的实施，包括需求分析、系统开发和测试，用户培训等。用户损失不仅仅是软件的购买代价，更为重要的是时间和发展机会的丧失。知识管理系统的应用是一个由浅入深、由简到繁和逐步深化的过程，同时用户自身也需在在此过程中不断积累和提升信息化的经验，要想知识管理系统应用到达比较好的效果，这是一个不可跨越的过程。
目前市面上的知识管理系统软件多而且同质化程度高，知识管理系统产品良莠不齐一般用户难以鉴别，众多的知识管理系统软件厂商以及参差不齐价格也让很多用户无所适从，在进行知识管理系统软件的选型时，需要从软件的技术架构，功能、易用性、适用性、安全性、稳定性、软件厂商的服务等多个方面进行综合评估，避免因为错误的知识管理系统选型导致知识管理系统软件替换，以及由此带来的损失。
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