1、管理：大企业主要注重的是ERP管理系统长期的效益及利益，但是作为中小企业来说，本身由于资金有限和市场较大的风险性决定了中小企业更注重ERP管理系统短期的利益。
2、成本：中小企业投资少，利润少基本上属于“小本经营”范畴，所以对盈亏的敏感程度远远高于大企业的敏感程度。
3、人才：由于中小企业规模、资金的原因，招聘的素质高且具有丰富ERP管理系统实施经验的人才很难。加上该类企业待遇低、工资不稳定、发展前景不被看好，致使自己培养的ERP管理系统实施人才在经验丰富后容易流失。
4、企业核心竞争力：大规模的企业发展最重要的是战略和组织，但是对于中小企业来说起核心竞争力是企业本身的管理水平或者是企业关键业务。也正因为如此所以和大企业ERP管理系统实施相比，中小企业ERP管理系统实施各自为战的比较多，难以形成规模效应，也就造成了在供应链上保持与供应商、销售商、合作伙伴、客户的密切协作有一定的难度。
除上述几条区别外中小企业还普遍存在产品积压;不能保证按期交货;用户服务水平差;应变能力差;市场竞争力差;库存资金占用多;设备利用率低;生产周期长;物料短缺;成本高;计划跨度长;信息反馈不及时;预测能力差;产品更新换代慢的问题。所以当中小企业实施ERP管理系统时不能照搬大规模的企业实施ERP管理系统的步骤。
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