1、实施团队非常重要。合格的实施团队对于电商仓库内部的运营尤为重要，能够把仓储管理系统的效用管理应用到位。同时能够帮助客户和仓储管理人员更好的使用仓储管理系统。因此有一个专业的实施团队，才能够把仓储管理系统的作用发挥到极致。
2、不同制造厂家开发的仓储管理系统，在质量、在稳定性和适用范围方面都会存在一些差异。物流仓储和运输公司在选择购买仓储管理系统时需要选择一个稳定的系统
3、认知风险，管理层对仓储管理系统的了解不够，认为系统上了，一切都顺了。然而，系统不是万能的，它只是一个需要电商仓储人员操作的系统，根本核心在于人的使用。而且，每个企业内部的管理流程，所需的功能都是不同，这也就要求企业要做好自身内部的调查，明确需要解决的问题和功能模块，这样仓储管理系统商才能根据你的需求，定制开发一个符合你企业使用的仓储管理系统。
4、系统上线后，员工的持续应用、内部运输团队的成本、产品知识的转移以及电商仓库内人员的稳定性将成为风险的一部分，这是不容忽视的。因此，企业需要加强对既懂技术又懂商业的复合型人才的培养，以保证对系统的快速上手，更快地产生价值，为企业盈利。
5、产品风险，考虑到WMS产品的稳定性和适用性、以及是否能够支撑未来可见的发展，企业需要选择技术能力好、有长远产品规划、研发力量雄厚、管理合规、口碑好的仓储管理系统厂商。
6、物流仓储配送公司对仓储管理系统的了解。尽管仓储管理系统可以提高仓库管理的效率，但这并不意味着无后顾之忧，其他一切都不是问题。毕竟，这仍然是一个系统，需要仓库管理人员执行特定的操作。此外，每个电子商务仓库内的条件和要求都不同。这就要求公司根据具体情况进行调整，找出需要解决的问题，及时更新功能模块。
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