可扩展性和集成化很差公司客户中存有好几套智能管理系统的状况也较为普遍，如：OA、CRM、ERP和账务软件等，系统软件中间必须开展融合和信息的互换，终究另外维护保养好几个系统软件导致企业成本增加、效率变低。
实施和服务项目成本太高在具体运用中，还存有许多由于联合办公系统的服务项目成本太高而迫不得已舍弃的客户。因为商品不肯能满足客户的所有要求，因此需要开展调节和二次开发，由于项目成本和企业成本的问题导致最终无法实现。
这样的事情一般造成服务项目成本太高，应用企业没法接纳，只有舍弃关键功能，影响联合办公系统的最终执行的实际效果；因为实现客户的需求的周期时间也较为长，也不能达到实际效果，影响正常应用，造成联合办公系统执行不成功，这样的事情也在不成功的实例中是数最多的。
可靠性和便捷性很差因为联合办公系统的性能问题，及联合办公系统的可靠性差，造成联合办公系统没法不断、平稳和一切正常的运作，最后迫不得已舍弃应用。系统软件的特性和可靠性是由软件的控制系统设计和技术性构架，系统软件编号品质等要素决策的，一些表层上看上去作用类似的软件，事实上软件系统和技术性构架差别十分大。
因为联合办公系统页面和人机交互设计不科学，造成联合办公系统的便捷性很差，再加中小型企业职工因为本身素养难题，经常不适合乃至抵触联合办公系统，导致系统软件在企业的推广和执行遇阻，利用率不高也是造成联合办公系统执行不成功的因素之一。
由于联合办公系统覆盖面广，多元性强，因此客户必须将联合办公系统做为公司的管理中心服务平台，保持统一通道和融合信息的功效。但一些联合办公系统由于技术性构架不科学或是设计方案水准缺乏，造成这类要求没法保持，这类难题也归属于手机软件的先天缺点，中后期是没法改善的。
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