医疗管理系统主要包含四大管理模块：行政管理模块、医疗管理模块、决策支持模块、辅助模块等，而四大管理模块之下又包含许多子模块支撑起整个医疗管理系统。
1：行政管理模块医疗管理系统的行政管理模块包括人事管理系统，财务管理系统，后勤管理系统，药库管理系统，医疗设备管理系统，门诊、手术及住院预约系统，病人住院管理系统等，医疗管理系统支持行政物品添加，物品采购，物品领用，费用申请等日常管理，生成内部物品虚拟仓库，支持在线出库，入库，可以全局把控物品数据及流向，对成本管控起到分析作用。
2：医疗管理模块医疗管理系统的医疗管理模块包括门诊、急诊管理系统，病案管理系统，医疗统计系统，血库管理系统等。
3：决策支持模块医疗管理系统的决策支持包括医疗质量评价模块，医疗质量控制模块等。
医疗质量评价模块包括：医疗质量评价、护理工作质量评价、医院工作效率评价、医务人员工作质量评价
医疗质量控制模块包括：医疗质量控制、医药质量控制、临床检验质量控制
4：各种辅助模块医疗管理系统的辅助管理模块包括，如医疗情报检索系统，医疗数据库系统等。
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