适用范围不同
ERP管理系统适用于品种批次不多，出入库频率不高、对保质期和追溯性要求不高的企业，仓储管理系统则适用于品种批次较多，出入库频度很高、对保质期和追溯性有很高要求的仓库。
精细程度不同
ERP管理系统虽然也将仓储划分为库区库位，但因为没有过程的校验功能，很容易出现错放乱放的情况，导致库存管理的凌乱。而仓储管理系统则利用条码技术对每个库区库位进行条码标识，上下架都需要进行扫描确认，可以保障每笔出入库业务的准确性，因而能实现精细的库存管理。
ERP管理系统一般能实现物料的批次管理，没办法进行单一化区别确认。而仓储管理系统则可包容批次管理及单一性管理，针对部分贵重物品或关键物料进行单一编码，增加物料管理的准确性。
管理方式不同
ERP管理系统强调的是结果管理，仓储管理系统强调的是过程管理。ERP管理系统是面向财务核算，仓储管理系统则是面向过程控制。
拓展性不同
ERP管理系统属于成型的软件模块，基本不支持客户化开发，不能完全贴近自己的需求。仓储管理系统则灵活性很高，属于在基础软件框架上的二次开发，更贴近客户的需求。
效率不同ERP管理系统部分厂家也集成了条码管理功能，但功能更上存在缺陷，不能对其他厂家的条码进行解析应用，没有和条码硬件及检测硬件的集成，导致最终不能实际应用，出入库、盘点、检验等业务仍需要手工输入，效率低下。
仓储管理系统则解决了以上的问题，通过扫描出入库及盘点增加了工作效率及准确率，而和检测设备的集成不但减少了仓储人员的工作量，增加了物料质量追溯的完整性，方便对供应商进行精细化考核。
硬件集成应用不同ERP管理系统基本没有硬件的集成应用，仓储管理系统则和条码设备、输送设备、叉车终端、检测设备等集成，实现仓库作业管理的自动化应用。
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