工程项目管理系统的应用能够为企业带来大的效益，而本身也是较为复杂的工具，项目管理系统对人的要求也相对较高。以项目管理经理来说，熟练掌握工程项目管理系统是必须的，可是只有连同工程项目管理系统背后的管理原理一起掌握，才能够用所学知识，解释企业生产经营管理活动所采用的相关理论，才能够具备发现企业管理现存的关键问题。
会使用、会操作工程项目管理系统只是最基本的能力，这对于一般人来说都是非常简单的，而真正掌握项目管理系统核心的，会应用项目管理系统的人却并不多。但恰恰只有会应用项目管理系统的人才能够深刻理解并能够融会贯通的掌握，更高水平的学习成果，需要建立在对知识、技能掌握的基础上有自我的创新，学会去应用好我们手上的项目管理系统。
工程项目管理系统相对于一般的工具来说，项目管理系统的使用除了会基本操作，会做项目申请，项目立项、会建立活动、会提交工时表、懂需求变更，会利用工具做报表等等，更重要的是需要懂得系统本身之于企业、个人的要求和效用，要理解工程项目管理系统背后蕴含的项目管理理论和项目管理思想，而不仅仅像一般的工具那样，懂得操作的方法就行了。
