建设单位档案管理部门在缺失工程档案管理办法的情况系下，依靠文书档案的管理方法很难对工程档案进行有效的分类与归档。工程最终形成的档案杂乱无章，比如，同一案卷内有图纸、有资料、有建设单位自身的工程来往批复文件、有系统后期的试运行及验收资料。整体表现为先后混乱、分类混乱、轻重混乱。完整性、准确性、规范性无从考证，单从档案的查询与调阅而言，就更是难上加难。
建设单位档案管理规定于项目管理的落实重视程度不一，导致档案管理质量低下 信息化项目自身的技术、经济、管理特点决定了管理规模及组织的复杂性，项目管理面向的对象包含信息系统工程使用的用户、参与项目建设的单位等等，各自有自身工作重点与范围且存在工作界面衔接，表现为参与者众多且存在流动性，工作开展过程的界面交互频繁与沟通协调工作较多。面对众多的参建单位，在档案管理标准与规定不明确的前提下，工程文档产生的形式混乱，档案的真伪与价值大小那一区别，同时也不能较为明确的体现出不同工作范围的内部关联；而在有统一标准的基础上，缺乏必要的档案管理培训等措施，也会导致参建单位对标准的理解与执行程度不一的情况，造成文档的完整性、准确性、规范性参差不齐，无法形成高质量的档案。建立必要的档案管理监督检查机制，并明确必要的档案管理人员，是重大信息系统工程档案专项建设的必要手段。
建设单位声像、电子文档等归档管理混乱，入档率低 伴随着办公自动化程度的提高以及工程管理信息化手段的多样，影像、录音、图片、电子文档等记录方式在档案中的比重越来越大。工程记录的载体及记录形成的过程多存在于电脑硬盘，且以上载体几乎记录了工程建设的所有活动。虽然相关规定对电子类文档提出了具体的要求，但是具体要求在实际建设中的落实程度相较于纸质文档，情况更差，在工程管理中，多见于此类文档集中刻盘整体存放，多数的电子文档仍留存与个人手中或者电脑内，时间长了很可能会导致资料的遗失。
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