定制化仓库管理软件是根据企业的仓库流程来设计、实施、操作的，所以在仓库管理软件运行过程中，必须要注意到企业操作流程的标准化程度。在评估的时候，一定要抓住关键流程，一旦出现实际情况与流程不一致，或者人为绕过仓库管理软件，先做事后补流程，就会导致软件无法落实，无法发挥应有的效益。所以在体检仓库管理软件的时候，一定要分析员工的操作，是否符合标准化流程的要求。
仓库管理软件在工作过程中，会根据这些基础数据，按照内部逻辑，经过一定的运算形成各种报表，使管理人员可以了解仓库的运营情况、库存情况、人员工作情况等，进而进行分析和决策。虽然仓库管理软件在运行中极少会发生错误，但如果操作人员没有按照相关的操作规范进行工作的话，数据的误差就会比较大，导致数据无法反映实际情况。所以，我们需要对基础数据进行审核。
一般来说，企业在熟练使用仓库管理软件之后，对软件的依赖程度就会非常强。如果软件出现问题，那么很多工作很难正常开展，此时也可以说明仓库管理软件运行得非常好。在做这部分体检时，要看企业手工操作的程度，一般来说手工操作越少，仓库管理软件运行效果越好。
