总体来说，通过考勤管理系统进行考勤有两种方式：一种是将考勤管理系统与考勤机连接，员工在考勤机上打卡，管理员在考勤管理系统上汇总和管理考勤数据；另一种则是直接在考勤管理系统上打卡，直接统计汇总数据。
考勤管理系统支持六种打卡方式：考勤机、在线打卡、导入打卡记录、手机考勤和补录，支持两种考勤模式：固定考勤和弹性考勤，支持各种假期、加班、请假、串休等管理，可以生成完整的考勤报表。
考勤管理系统乍一看也不算高深，其实这里面有大量的细节需要考虑到，否则很难用起来。因为每个企业在考勤管理方面都非常细致和严格，毕竟这会影响到员工的考评和薪资，而且不同企业在考勤管理系统的细节方面也会有很大差异。所以从技术的角度来说，确实不算难，但从功能的角度说，考勤管理系统还是很需要经验的。比如支持多班组、多考勤规则，允许不同的人员使用不同的考勤规则；支持自动加班计算，实现加班单和实际考勤时间的交叉混合计算；考勤管理系统支持年假公式和年假周期设定，系统根据年假公式自动计算年假；支持特殊考勤日，如公司假或者停电串休等设置；考勤管理系统支持早晚和午休四次考勤打卡；支持考勤管理员后台补录考勤数据等等。
考勤管理系统还实现了工作流和考勤功能的整合，在工作流功能中审批过的请假单、外出单、串休单、加班单等数据，会自动进入考勤统计报表中，无需再人工统计和汇总，这就极大的节省了人事部门的工作量，并提升了工作精度。
说到考勤报表，考勤管理系统提供了公司、部门、员工的多级考勤报表和考勤日历，并且可以跨年、跨考勤月统计。员工能够实时查看本人的考勤统计情况，上级能够实时查看下级人员的考勤统计情况。这样发现问题后也可以及时沟通，及时解决。
这些细节看起来都不算难，对厂商来说要实现起来都不算难事，但难的不是技术，而是想法。实际情况是，大多数考勤管理系统都缺乏这些细节设计，导致考勤管理系统在进行考勤管理时根本用不起来
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