(1)成本风险 随着系统开发时间的推移，不论对企业还是开发商，都会付出高额的代价。企业将增加ERP软件实施成本，开发商将消耗更多的开发资源，以及合同违约风险。
(2)移植风险 开发商与企业的系统运行环境不一致，会导致系统在移植过程中出现偏差。开发商的开发环境与企业系统运行环境不同，开发环境中的网络环境相对封闭，且规模小，企业的系统运行环境复杂，开放性高，规模大。开发环境与运行环境不一致，会导致系统功能实现的偏差，达不到预期的目标。
因此，在ERP软件二次开发阶段，企业与开发商必须进行高效的合作，明确双方的责任与义务，共同维护合同的权威性，本着友好合作的态度处理开发过程中出现的各种问题。同时双方应加强相互监督，互守信用，避免造成不必要的损失。为了避免上述风险的发生，可采取以下控制策略：
(1)细化合同 为了避免因企业修改系统需求而导致开发商反复修改系统代码引起的矛盾，企业和开发商在签订开发合同时，应明确在系统开发过程中发生各种问题时的处理方案，避免产生不必要的纠纷，影响系统开发;开发商在完成系统需求分析后，形成系统需求书面文档，在同企业充分论证并取得企业认可后，再进行系统代码编写，这些都应在合同中明确规定，防止无合同约束的工作过程。
(2)企业积极配合 开发商在对企业进行需求分析的过程中，企业应采取积极配合的态度，配合开发商挖掘企业的开发潜力。企业应尽量把企业经营管理中存在的问题在需求调研阶段表述出来，防止在软件进入代码编写阶段后再修改需求，延误系统开发。企业ERP软件实施领导机构负责协调企业相关部门与开发商在ERP软件实施过程中的合作，保证开发商能够全面，深入地对企业进行深入的调研。 ..上海企业ERP管理系统软件专题
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