虽然制造业ERP系统有着众多的优点和广阔的发展前景，但一个不容忽视的问题却始终摆在我们的面前，这个问题就是ERP在具体应用中的成功率非常低，而且有应用成功率是0的说法。这种说法可能有点耸人听闻，但ERP在国内应用的成功率低却不容质疑，即使在国外其成功率也只有20%。那么到底是什么原因导致这种结果呢？当然造成这种状况的原因是很多的，主要体现在以下几点：
(1)制造业ERP系统太复杂烦琐，其程度超乎想象，它是蕴涵着一种先进管理思想的大系统，因此很难与我国企业现有的管理体制相匹配，让ERP去适应企业显然是不现实的。因而，实行企业内部的业务流程重组（BPR）是必不可少的。另外，不可避免的可能要进行机构重组，这在当前国内的多数企业中还不是非常顺利就可以实现的。
很多企业未能从本质上充分认识ERP系统项目是一个企业管理系统工程，而仅仅视其为企业信息化建设工程，以致实际应用中既没有结合我国尚未完全实现工业化，广大企业长期处于管理粗放、落后的实际状况，从而立足于深化改革和管理创新；也没有把应用ERP系统与应用其它现代企业管理思想和方法紧密结合起来，相辅相成，互为作用。
(2)ERP系统投资巨大，实施ERP系统绝非是少量的投资就可以打发的事情，而且预计的投资可能在实施过程中变得捉襟见肘，追加投资的事情是很正常的。单纯软件的投资就很可能以数百万计算，而硬件的投资绝对更不是个小数目。
(3)制造业ERP系统实施周期长，而在实施过程中，难免不发生一些变化，如企业自身的改革、市场环境的改变、金融秩序的变动等，这些都有可能对正在实施的ERP系统造成或多或少的影响，有时可能是致命的。再比如，大家都知道，现在IT技术的更新换代早以超过了摩尔定律的定义，在实施过程中，硬件的先期投入可能在系统尚未成功完成之前，就变的用也不是，不用可惜的地步了。
(4)制造业ERP系统技术含量高，一般情况下，了解并掌握系统的全部是不可能的，只有发扬团队合作精神，企业上下一条心，才能有可能获得效果，这样就要求企业的管理人员和员工，必须提高自身素质，而做到这一点也并非易事。高层管理人员对他们在安装使用这套系统的过程中应扮演的角色没有把握。管理人员关注的焦点是企业的目标和日常事物，而系统技术人员关注的是程序，双方都对各自领域里的知识不熟悉，无法沟通。
(5)大多数企业无法确保实施ERP系统所要求的基础数据的准确性和时效性，运行ERP系统所需的各种基础数据的准确性和时效性普遍较差。这是因为我国目前企业管理水平低下，亟需提高；另一方面也充分反映了这些企业对基础数据的准确性和时效性与提高我国企业管理水平和ERP系统应用成功率的关系缺乏足够的认识。
