首先，要健全组织内部系统和各项规范制度，合理统筹调度各类资源，形成规范有序严密的团队秩序，保障工程管理系统内各个环节的衔接适当，各项工作有条不紊地进行。
其次，必须注重对专业人才和技师的培养，重视对工程管理系统操作人员的整体素质和职业道德的培训及考核，可以的话通过对工程管理系统的深度研究进而完成二次开发，例如针对企业自身的管理特点，完善对数据库的更新升级，健全项目信息，使用对应接口程序的数据来进行操作，还可以实现资源共享，节省大量的人力物力和时间。
最后，正如不要把所有鸡蛋方在同一个篮子里一样，工程管理系统不是万能的，再尖端的科技也是人类智慧的结晶，管理系统只是工具，如何高效地应用还在于人，所以虽然有相对完善的管理系统在手，但是也要做好查缺补漏和定期护理维修工作，还要更新思维方式，不断改进工程管理系统，以全新的立体角度来整合和统筹各种信息，从而不断能提高工程管理的水平。
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