工时管理系统有利于企业增强企业的凝聚力和员工的归属感。因为整个工时管理系统在运行的过程中，是需要企业所有成员共同参与的，在简单的使用、操作和沟通中会让在这集体中的每个员工都会感觉到这个集体实实在在的存在，这样一来，大家不仅能在其中获益，也能进一步感受到团体的概念，因此而增强大家的集体荣誉感，也能更好的实现自身的个人价值。
工时管理系统有利于优化组织的工作流程和改善工作模式。工时管理系统以提高个人作战能力的方式去提高全员战斗能力，克服传统管理模式和办公模式所带来的弊端。在工时管理系统中，各部门、各级别可以进行垂直沟通和水平沟通，破解了人与人之间、人与部门之间、部门与部门之间的合作壁垒与沟通壁垒，明确细化了个人与不同部门的权利与义务，便于领导监督和指导。
工时管理系统有利于组织内部整体资源的合理使用。工时管理系统在减少人力、财力、物力的不必要开支的同时，也在组织内部构建了一个管理平台和信息共享平台，形成了各部门之间信息共享、和谐互助的良好氛围，为部内的精细化管理提供了硬性支撑，同时为构建组织文化提供了软性支持
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