虽然我们看到了信息化给企业人力资源管理带来的好处，但开展人力资源信息化建设并不是那么容易，很多企业在进行人力管理系统的建设的过程中会存在几个方面的问题：
一：客户以及软件厂商对于人力管理系统的认知比较薄弱
很多企业又因为跟风引入系统的嫌疑，所以对于人力管理系统的理解非常薄弱，以致于无法判断出自己所真正需要的人力管理系统功能。
因为企业管理系统的持续递进发展，很多人都看到了不小的市场，大量的软件开发企业涌入了市场，而这些软件商对于人力管理系统还没有足够的理解，所以最终的结果就是软件厂商开发不出满足企业需求的人力管理系统
二：部分服务商不了解人力资源管理现状。目前人力资源管理基础非常薄弱，导致支撑企业人力资源管理的信息化产品在企业管理发生变化时，无法支撑。另外软件自身过于复杂，人力资源管理又很难普及，这些都是导致信息化不成功或者就是使用率不高的根本原因。
三：领导对于人力管理系统的错误预期以及重视程度不足很多企业的领导对于人力管理系统的注意力都放在了短期内能否起到立竿见影的效果或者说是人力管理系统对于企业所带来的短期效益，很少关注于更为重要的长期效益。这对于人力管理系统在企业中的发展是非常不利的，因为大多数的企业管理系统都是本持着“放长线，钓大鱼”的经营理念。
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