ERP系统是将先进的管理思想用信息化的平台表现出来，它在企业的实施过程不仅仅是信息化改造过程，更重要的是企业管理思想变革的过程。ERP的应用给企业带来的是管理上的规范化、标准化。同样，中小企业ERP系统的成本系统也不是仅仅停留在能够完成计算机的成本记录、归档等传统任务，更多的贯穿于ERP成本管理中的其实是管理会计的原则和思想。
ERP系统究竟有哪些问题呢？就目前国内ERP系统来说，首先从ERP软件自身看，存在着一些不成熟风险。其一，功能可用性不足；任何软件必须具有可用性，可是70%以上的ERP系统，没有达到软件的预定目标。因此，推向市场的ERP软件难免存有先天不足。其二，软件自身缺陷过多。按理说，ERP的资源计划管理软 件，必须经过应用考核和验证实验，但是，我国却并未建立相应的市场准入质量审查机制。因此，一些ERP软件进入市场还存有明显的缺陷。
再者从系统方面来看，它的运作风险会让企业感到困惑，其较高失败率会让决策者在ERP投资上很迷茫。在这列举ERP的几个风险性：第一，企业无法对套装软件包进行较大程度的客户化改造，使之完全符合企业运营特点。第二，企业缺乏足够时间进行业务流程重组。第三， 软件系统的可重用性较差。第四，软件系统未必能建立在最先进的技术平台上。然而，据统计资料显示，我国企业对管理软件的年需求量应在200亿元以上，我国拥有庞大的ERP系统潜在市场，所以提升ERP的运作质量会让其在国内市场上占据一个重要的主导地位。
最后从运行环境看，它的系统存在着严重的运行期风险。ERP进入运行期，并不是项目风险的化解，而是项目风险的重点转移和延续。无数案例表明，约一半左右的项目会在实施中流产。
综上所述的ERP风险，如何成功运作ERP系统，使其降低风险呢？而当务之急是构建企业实施ERP信息化的风险管理策略体系，下面列举一些具体实施规划以供参考：第一，积极筹措ERP系统的实施规划；第二，严格控制ERP系统的实施进度；第三，努力提升企业领导的综合素质；第四，充分发挥ERP系统中信息中心的枢纽功能；
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