首先食品行业在ERP管理系统应用过程中只注重ERP管理系统功能的培训，而没有把ERP管理系统培训延伸到从项目开始对企业的中高层员工进行包括ERP管理系统在内的，也包括MBA知识在内的完整的知识培训。没有这种知识培训，怎能有效的提高员工的素质和整体水平，怎能全面深入地认识ERP管理系统应用目标和价值。但是现在来看，绝大多数企业前期很少有这样的培训。
再次，不能够全面理解ERP管理系统应用战略，一些企业甚至认为上马ERP管理系统没有必要将就战略。那么，究竟什么是ERP管理系统应用战略呢?有人简单的认为是提高企业管理水平，推动企业现代化。不错，这样的说法也是正确的，但是还不够完全正确。企业在应用ERP管理系统时一定要深刻认识ERP管理系统应用战略的目标与内涵，并要落到实处与企业现实问题结合起来。
可以坦诚的说，目前还有不少企业对ERP管理系统应用战略目标，或者说到了今天对深化应用ERP管理系统的战略目标认识不清楚。认识不清楚就导致很多企业的ERP管理系统应用仍停留在软件和信息技术应用层面。有的企业在申报方案中谈了很多网络技术架构和软件功能问题，而很少谈及如何通过信息化来有效推动企业业务模式和业务流程创新问题。这种情况还不在少数，是一个比较普遍和现实的问题。
第四，企业主体意识不强。毕竟应用食品行业ERP管理系统是企业的行为，企业要下决心做出这方面的决策，还要知道如何应用才能达到我们预期的目标。我们现在面对的是经济全球化的挑战，全球信息化的挑战，中国企业缺乏有效管理的挑战，我们的企业为什么不能加快应用食品行业ERP管理系统的进程，来提高企业ERP管理系统应用水平和管理水平呢?这一切都是企业的行为，是企业主体意识问题。企业主体意识不转变，意识不增强，再好的软件、技术，再多的资金也不能解决问题。
第五，没有引入管理咨询，项目监理制和评价制。现在很多大中型企业对实行项目监理和评价制缺乏足够的认识，有的认为开展这些工作没必要，有的认为有必要，又不舍得花钱投入做这些工作，所有这些都势必影响ERP管理系统应用进程和绩效。问题的关键还是企业的自身主体意识不强。
