随着企业的不断发展，规模和业务模式都会发生相应的改变，那么以往ERP管理系统的功能可能就无法满足企业的日常需求了，这个时候就需要企业对ERP管理系统进行二次开发或者升级，在原有的ERP系统功能上进行升级或者是添加新的功能注入到原来的ERP管理系统中去，但是有时候往往升级改造过程不会那么顺利，那么企业ERP管理系统在进行二次升级开发的过程中会遇到什么样的问题呢？
1：ERP管理系统版本技术风险
与起点不同，旧ERP管理系统的版本升级，起点必须更高。由于企业内部的系统用户已经形成了ERP传统的判断能力，如果新系统在很多地方无法与旧系统相比，新系统就无法实现。由于对起点的要求较高，同一制造商的ERP软件系统通常有许多不同的版本，公司需要做出艰难的选择。
事实上，选择ERP管理系统版本升级的风险与重新选择ERP管理系统相比具有同样的风险。这种风险体现在：如果用户没有接触到ERP系统，那么头脑是空白的，系统功能说什么是他们会更容易接受制造商的观点，这会使信息不对称，但它是有利于项目的实施。但是，对于具有版本升级的ERP软件产品，用户将对他们的业务需求有很多了解，并且争议的机会将大大增加。此外，业务部门人员可以轻松地将新系统与原系统进行比较，这将在一定程度上为产品升级带来风险。
2：成本增加的风险
随着功能的新增，开发时间的增加，ERP管理系统的二次升级会变得越来越负责，因为中国有句古话叫做“迟则生变”，因为开发功能的增多，会有越来越多的参数和因素，让企业对ERP管理系统的二次升级的各种成本：时间成本、人力成本、资金开发成本等等加剧，无论是企业还是软件开发商都会消耗更多的资源。
3：新版本对接移植风险
新版本的ERP管理系统在进行对接移植的时候，有两方面的风险，一个是员工使用层面上的问题，员工在使用新的ERP管理系统时，可能会出现一些使用问题，比如习惯原先的工作流程或者是功能，另一个就是系统运行环境的问题，如果是另一个软件开发商进行的二次开发，那么可能会出现系统运行环境出现偏差，达不到预期的效果。
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