工程施工合同中的主要条款是工程工期、工程质量、工程造价这三大目标。工程合同管理系统主要就是工程管理中“三控制”的管理。工程建设中的投资、进度、质量三大目标是互相制约、辩证统一的，决不可偏废。
在发展市场经济的过程中，通过合同管理系统提高合同意识，改善合同管理，充分发挥合同对于市场运作的积极作用，实施合同管理系统逐步实现市场的规范化，是市场经济活动继续深入发展的一个亟待解决的重大课题。
没有健全的合同管理系统，就没有健全的市场机制。企业之间的所有经营活动，不是通过某一个权力部门的硬性分配，而是通过市场交易来进行的。而市场交易又是通过竞争来完成的，竞争机制是市场经济体制中的最重要机制。通过合同管理系统，国家从客观上实现资源配置的最优化，从微观上实现效益最大化。
但是，竞争机制的形成，是以合同秩序的健全为提前的，而施工企业想要提高自身的竞争能力就必须在质量、投资、工期目标等方面履行合同，必须通过工程合同管理系统的科学管理来实现合同目标。合同管理系统，工程施工承包合同具有标的物特性，执行周期一般较长，内容较多，涉及面较广，一次性投资大等特点。
只有遵守建设程序，符合投资计划，合理的工期、质量、投资目标的工程合同，才有好的开始，才谈得上科学的合同管理系统。履行合同条款是合同管理系统的主要内容。
