1、执行力不够普及行政管理系统难
中小企业员工普遍缺少专业计算机知识，不适应甚至排斥行政管理系统的应用，加上中小企业自身的执行力不够，缺乏相应的制度保障，造成普及行政管理系统时受阻导致使用率低下。很多中小企业的行政管理系统负责人不仅不是专业的人员，而且行政管理系统负责人频繁更换，严重影响行政管理系统的实施效果。
2、无法持续的应用和深化
在实施和普及行政管理系统过程中，没有依据自身的需要不断的对行政管理系统进行深化，行政管理系统的应用始终停留在表面，企业领导人也觉得行政管理系统和信息化可有可无，最后甚至将行政管理系统慢慢的搁置起来了。
3、对行政管理系统信息化的认识不足
一些中小企业老板受自身的限制对普及行政管理系统不是很重视，抱着浅尝辄止的态度，对普及行政管理系统的实际应用价值持怀疑态度，不仅自身很少参与，更糟糕的是将行政管理系统项目随便托付于不懂信息化的人员。信息化是企业的大事，更是一个系统工程，需要有计划有步骤的进行实施。切忌考虑不充分，缺乏整体的规划，头疼医头、脚疼医脚。
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