第一、管理目标不明确
部分医院的运营管理目标不明确、手段落后，仅仅停留在简单的奖金核算方面，对于成本控制、成本考核、财务预算及其它运营管理了解甚少。
第二、缺少先进的管理方法与工具
虽然目前医院的基础信息系统已经建设完善如HIS等，但针于先进的管理方法与工具目前应用的并不是很多，许多的医院也仅仅是目前尝试阶段。
由于现有的信息系统很难够满足管理的需要，受管理体制、医院管理体制、信息系统开发人员能力等多方面原因制约，目前，成熟且完善、明确梳理清楚医院业务流程的信息系统并不是很多，这严重影响了医院运营管理措施、管理手段的实施。
面对医院运营管理所面临的问题，ERP使得医院提升运营管理变成了现实。医院运营管理需要借助一套先进的管理思想以及具备医院业务属性的ERP来提升医院的运营管理。
提到ERP，过去更多应用于制造业属于流程或者离散型方面，但今天的ERP的范围不再仅仅局限于业务流程，更多是一种先进的管理思想，经过多年的应用积累，现在的ERP已经集成了最先进的管理精髓，对于起步较晚的医院运营管理来讲，医院ERP的建设已经破在眉睫，虽然目前ERP在医院的运营管理方面还处于初级应用阶段，但我们看到未来提升医院运营管理，医院ERP的建设必不可缺少。
对于医院ERP的建设，我们也看到国外许多的医院机构已经开始建设ERP来提升医院的运营管理水平，国外医院成功建设ERP实践也证明了ERP的成功实施确实能够给医院带来管理上的提升：
第一、实现各个业务系统共享
目前来看，国内医院信息系统比较单一，很难实现信息统一比如物资管理系统、人力资源系统，通常这些信息系统不能实现信息沟通共享从而无法为管理提供综合中的价值信息，而ERP系统帮助医院理顺和优化采购以业务流程，并用科学的方法，进行预算和库存管理。
第二、实现管理流程优化提升运营管理
由于其业务的特殊性，使得医院的业务流程很是复杂，通过ERP系统能够使得业务流程更加透明化、医院的管理更加规范化，提升医院的运营水平。
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