第一、管理目标不明确
部分医院的运营管理目标不明确、手段落后，仅仅停留在简单的奖金核算方面，对于成本控制、成本考核、财务预算及其它运营管理了解甚少。
第二、缺少先进的管理方法与工具
虽然目前医院的基础信息系统已经建设完善如HIS等，但针于先进的运营管理方法与工具目前应用的并不是很多，许多的医院也仅仅是目前尝试阶段。
第三、医院业务流程不明确
由于现有的信息系统很难够满足管理的需要，受管理体制、医院管理体制、信息系统开发人员能力等多方面原因制约，目前，成熟且完善、明确梳理清楚医院业务流程的信息系统并不是很多，这严重影响了医院运营管理措施、管理手段的实施。
第四、业务流程复杂
由于医院其业务的特殊性，使得医院的业务流程很是复杂，所以则需要引进更先进的系统，使得业务流程更加透明化、医院的运营管理更加规范化，提升医院的运营管理水平。
