在未使用人力资源管理系统的企业，其人力资源部门往往将将70%的工作时间用于人事档案管理、考勤记录、薪酬核算与发放、入职调离、人事报表等等繁杂琐碎的基础人事管理，所以很多企业在进行选购时，更着重是把人力资源管理系统当作解决事务管理的工具。虽然事务管理亦是人力资源管理系统价值体现的方面，但是这种观念将人力资源管理系统的价值淡化，未能发挥人力资源管理系统在核心职能和领导职能管理的作用。
人力资源管理系统能够为企业带来多方面的价值，但目前不少企业对人力资源系统的认知存在一个误区，认为人力资源管理系统主要是帮助企业解决人力资源事务管理的难题，用IT技术将HR管理概念表格化、操作化，在人事档案管理、考勤记录、薪酬核算方面简化流程和工作量，从而提升工作效率，解决企业管理存在的繁琐问题。
其实人力资源管理系统涉及的功能模块非常多，其不仅有考勤、薪酬、人员管理、流程审批等基础管理事项信息化的功能，还有人力资源管理系统可以帮助企业提升招聘效率、管控招聘渠道、建立自有人才库。人力资源管理系统可以协助企业培训、绩效战略方案的落地实施，从而实现企业的人才培养和人才激励，提升企业竞争力，额外还可以提供有价值的数据协助企业进行决策。
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